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両船の入出港に合わせて、神戸市・神戸港振興協会・神戸海事広報協会は入港歓迎・出港歓送のセレモニーを行う。また、日本丸の出港の際には練習帆船最高の儀礼である「登檣礼」(とうしょうれい)が行われる。
登檣礼は、日本丸に乗船し航海訓練を行っている実習生全員が、離岸時に港や歓送者に対して感謝の意を表し、白い実習服・黄色高所作業帽子に身を包み、マストやヤード(帆を取り付ける横方向の桁)に登り、脱帽の上「ごきげんよう」を三声する練習帆船最高の儀礼。
新港第1突堤は立入禁止区域だが、入出港セレモニーの際には一般開放する。また、停泊期間中、日没から午後10時にかけて、船体のイルミネーションが行われ、夜のみなとを彩る。電球300個を舷側やマスト間に取り付けるとともに、4本のマストのライトアップを行う。