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フード国分は2016年1月1日付で実施する国分グループ組織の再編に伴い、エリアカンンパニー（AC）、カテゴリーカンパニー（CC）、ヘッドクォーターカンパニー（HQ）の組織、主要人事を決めた。
国分本体は、販売部門の一部を残し全国のAC・CCに移管するとともに、社名を「国分グループ本社」へ変更。グループ全体の仕入機能を担いながら、AC・CC、ほかの事業会社を統制・統括・サポートする機能会社となる。
国分グループ本社には、グループ全社の経営全般に関する基本方針の立案、戦略全般を所管する経営統括本部を設け、その直下に経営企画部、人事総務部、経理財務部、法務部、情報システム部、品質管理部、販売業務部、物流統括部、マーケティング統括部、MD統括部、広域統括部、低温フレッシュ・フードサービス統括部、海外統括部、卸統括部、ヘルスケア統括部、フードサービス事業部――の16部門を置く。
情報システム部傘下に物流システム一、二課、業務システム課、システムサービス課を配置し、物流統括部は企画・開発課、稼動・改善課、提案・営業課の3課を統括して物流政策の推進、戦略立案、提案、企画、開発、稼動支援、改善といった事項を所管する。
低温フレッシュ・フードサービス事業に関連するカテゴリー・販路政策の推進、物流・システムについては、低温フレッシュ・フードサービス統括部が所管する。
また、AC・CCは所轄エリア、カテゴリーでの唯一の販売窓口に位置付け、地域に根ざしたエリアマーケティング、他エリアのAC・CCと連携した全国レベルの卸機能を発揮。広域展開する取引先の窓口機能を取引先の本部が所在するAC・CCが担う。
