国内日本貨物鉄道(JR貨物)は10日、秋雨前線の停滞に伴う大雨の影響で中央線と山陽線が3週間にわたって不通となり、8月16日から運転を全面的に再開した9月5日までの間に運休した貨物列車の本数は、コンテナ列車765本、車扱列車135本の合わせて900本だったと発表した。この災害によるJR貨物の減送量は34万4000トン(暫定値)に達した。
運休の間、山陽線区間ではトラックと船舶による代行輸送を実施した。トラックによる代行輸送では12フィートコンテナ換算で5242個、定期船による代行輸送は166個をそれぞれ輸送した。不通区間の輸送量の「最大10%」を代行輸送でカバーしたことになる。
中央線では運転再開までの間、石油列車が東海地区から東海道線経由で長野地区へう回輸送を行い、関東から長野に向けても臨時列車を走らせた。東海から東海道線経由で長野へう回輸送した臨時列車は3本で、タンクローリー162台相当を輸送。関東から長野へは臨時列車として17本を運転し、タンクローリー711台相当の輸送力をカバーした。