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国内国土交通省が29日午前7時時点でまとめた「令和8年熊本地震」の被害状況によると、九州自動車道と南九州自動車道の計13区間が、道路損壊や橋梁損傷により通行止めとなっている。隣接区間の被災や一般道の混雑回避に伴う規制を含めると、高速道路では計17区間で通行が制限されている。
被災による通行止めは、九州道の益城熊本空港インターチェンジ（IC）-嘉島ジャンクション（JCT）間と御船IC-人吉IC間の計7区間、南九州道の八代JCT-水俣IC間の6区間。道路損壊や橋梁損傷が確認されている。
このほか、九州道の嘉島JCT-御船IC間が隣接区間の被災により通行止めとなった。人吉IC-えびのIC間の2区間は、一般道の交通混雑を避けるため通行を規制しており、緊急車両のみ通行できる。九州中央道の嘉島JCT-小池高山IC間も、隣接区間の被災により通行止めとなっている。
一般道では、国道57号の車帰IC-阿蘇西IC間が橋梁損傷で通行止めとなった。熊本県内では国道218号、219号、266号の計3区間でも橋梁損傷が発生した。県道などは熊本、大分、宮崎の3県で計14区間が、落石や道路損壊、橋梁損傷により通行できなくなっている。孤立集落は確認されていない。
宅配便は4事業者が一部地域で集配を停止、または遅延している。高速バスは福岡、熊本両県の発着便を中心に8事業者31路線が運休し、熊本県内の路線バスも3事業者が全路線を運休している。
港湾では、八代港で岸壁背後の段差や液状化、陥没が確認された。熊本港では、島原航路のフェリーが使用する渡橋が損傷して使用できなくなったほか、ガントリークレーンも損傷した。熊本県と長崎県を結ぶフェリー1航路が運休している。
航空では、熊本空港の滑走路閉鎖が28日午後7時5分に解除された。28日は地震発生後の29便が欠航し、29日も14便の欠航を予定している。天草飛行場では28日に2便が欠航し、29日も1便の欠航を予定している。
鉄道は九州新幹線が全線で運転を見合わせ、在来線も8事業者12路線で運休が続いている。国交省は道路や港湾などの被災状況を調査するため、緊急災害対策派遣隊（TEC-FORCE）を現地に派遣し、復旧や緊急輸送路の確保を進めている。
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